大捷的勝利成果功虧一簣了。
烏蘭布通戰役後，噶爾丹率領著殘部兩千餘人垂頭喪氣地回到了科布多。然而他並沒有放棄，他望著營地和妻子家眷被其侄策妄阿拉布坦洗劫一空的景象，心中依舊賊心不死。他一面休養生息，以圖將來東山再起；一面爭取沙俄的支援。
康熙三十三年（公元1694年），康熙皇帝多次邀請噶爾丹參加會盟，以調節準格爾部同土謝圖汗等部之間的矛盾。然而噶爾丹卻拒不接受清廷的邀請，反而蠻橫地要求清政府交出土謝圖汗和哲布尊丹巴，不然他將再次向喀爾喀蒙古發動進攻。
次年，噶爾丹自認為兵力充足，再次向喀爾喀蒙古發起了進攻，並揚言在冬後進攻漠南。康熙皇帝聽到這個訊息後，不禁嘆了口氣：“這個噶爾丹，真是狗改不了吃屎。”
康熙皇帝召集了朝中三品以上的武官，準備共商征剿噶爾丹的大計。這場會議的氣氛可謂是緊張又刺激，大臣們各抒己見，有的主張保守，有的主張進攻，一時間爭議不斷。
許多大臣認為，噶爾丹的老巢距離朝廷實在是太遠了，中間還隔著大片的沙漠地帶。運送武器糧草都是個大問題，更何況還要面對噶爾丹的兇猛反撲。他們紛紛勸康熙皇帝不要輕舉妄動，以免陷入戰爭的泥潭。
然而，將軍費揚古卻是個“熱血青年”，他主張出兵進剿噶爾丹。他認為，如果不盡早根除這個隱患，北部邊疆將來必定後患無窮。他說：“噶爾丹就像一顆毒瘤，如果不及時割除，將來必定會擴散到全身。”
康熙皇帝聽了大家的意見後，陷入了沉思。他明白，這場戰爭不是兒戲，必須謹慎行事。於是，他多次聽取大學士的意見，並召開議政王大臣會議進行討論。最終，在經過一番深思熟慮後，他決定再次率兵親征噶爾丹。
康熙三十五年（公元1696年）二月，康熙皇帝下令兵分三路進剿噶爾丹。其中，黑龍江將軍薩布素率領東路軍，從興安嶺克魯倫河進發；撫遠大將軍費揚古則率領西路軍從寧夏越過沙漠沿翁金河北上，他們的任務是切斷噶爾丹的退路；而康熙皇帝則親自率領中路主力軍出獨石口至克魯倫河與東西兩路大軍協同作戰。
這場戰爭的規模可謂空前絕後，三路大軍浩浩蕩蕩地向著噶爾丹的老巢進發。康熙皇帝身先士卒親率中路大軍一路北上。他們經歷了無數的艱難險阻終於抵達了克魯倫河畔。
此時東西兩路大軍也已經趕到與中路大軍會師。三路大軍齊聚一堂士氣高昂誓要將噶爾丹一網打盡。在康熙皇帝的英明領導下清軍最終取得了輝煌的勝利噶爾丹被徹底平定北部邊疆得以安寧。
康熙皇帝率領的中路軍，就像一群勇敢的探險家，在無邊無際的沙漠和草原上穿行。他們跋山涉水，千里迢迢，只為了找到那個令人頭疼的噶爾丹。經過五十九天的艱苦歷程，他們終於在五月初五從科圖逼近了噶爾丹的老巢。
而西路軍的遭遇就有些“悲催”了。他們原本想走的捷徑，結果途徑的草地被噶爾丹焚燬，變成了一片焦土。無奈之下，他們只能迂迴前進，速度自然就慢了下來。東路軍呢，也不知道是不是迷路了，反正也沒按時到達預定地點。這樣一來，中路軍就像是陷入了敵方的包圍圈，形勢十分不利。
就在這時，又有傳聞說沙俄出兵來援噶爾丹。大學士伊桑阿一聽就慌了神，他擔心中路軍會遭到敵方夾擊，於是建議康熙皇帝率中路軍後撤。康熙皇帝一聽就火了，他嚴加斥責了這種畏戰懼敵的言論，表示此次親征一定要殲滅噶爾丹。
康熙皇帝可不是鬧著玩的，他經過分析討論後，果斷下令中路軍繼續前進。他還玩了個“聲東擊西”的戰術，將隊伍分成兩路。一路佔據克倫和左岸的山麓高處，假裝大部隊將從那裡經過；然後自己率另一路爭先據河，並於克魯
