但在1772年的瓜分波蘭事件中，約瑟夫二世迫切要求和普、俄一同瓜分波蘭，這樣做不僅會使奧地利得到大片領土，還會樹立他的個人威信。
從國家和個人的角度來說，瑪麗婭·特蕾莎都不願看到奧地利參與瓜分波蘭，但約瑟夫二世堅持這樣做，再者女大公本人也不願看到普魯士從中獲得利益。
她非常違心，深怕瓜分波蘭在道德上說不過去，並且得罪波蘭的盟國法國，使剛剛依靠聯姻緩和起來的法奧關係重新緊張，也讓在法國做太子妃的小女兒瑪麗亞·安託瓦內特為難。
而且，她不相信腓特烈二世，擔憂此舉會在不穩定的奧地利內部煽動民族浪潮。
但整個議會都接受了約瑟夫和考尼茨的想法，瑪麗婭·特蕾莎也無可奈何。
斯蒂芬·茨威格曾這樣形容她:"她的那頂王冠，對她來講，早就是一種負擔了。
"但為了守住哈布斯堡家族的產業，她還得繼續緊握權杖，與兒子共同執政長達15年。
1780年11月29日，瑪麗婭·特蕾莎因3年前染上天花，健康狀況急驟惡化，最終因心臟病而逝世，享年63歲。
臨終前，瑪麗婭·特蕾莎把子女都叫到身邊，對每個人都講了一些感人肺腑的話，她微笑著懇請約瑟夫要照顧好自己的兄弟姐妹。
她不願入睡，她要親眼看著死神的到來。
晚上9點鐘，瑪麗婭·特蕾莎掙扎著站起身，似乎要向前走。
約瑟夫快步向前並問:"陛下想到哪裡去?"她沒有回答就倒下了，一陣痙攣後嚥下了最後一口氣。
瑪麗婭·特蕾莎死後，與弗朗茨一世合葬於維也納宮堡公園的卡普齊納爾陵寢。
在國家管理體制方面，瑪麗婭·特蕾莎任用內政大臣豪克維茨為顧問，廢除中世紀遺留下來的社會機構，建立中央樞密院、司法部、行政部、財貿部，加強了中央集權。
為了緩和農民與地主的階級矛盾，取消了農民對地主依附關係的一些規定，確定農民的勞役和代役租額，限制貴族對農民的剝削，在一定程度上減輕了農民的負擔。
1754年在奧地利、1771至1772年在捷克和匈牙利，進行了第一次人口調查和土地登記。
在1749年開始的財政金融改革中，瑪麗婭·特蕾莎頒佈了徵收所得稅法令，取消從前貴族、僧侶不納稅的特權，規定不分貴賤，按財產多寡和等級普遍徵收所得稅，並且徵收遺產稅。
為了促進工商業發展，規定新工廠主一般免稅10年，鼓勵紡織業自由發展，招收外國技術工人，建立新工業部門。
在國內貿易中，廢除國內關卡，實行統一關稅制，並於1769年建立維也納交易所，發行統一貨幣。
這些改革措施，有利於全國形成一個統一的經濟體系，使國庫出現盈餘。
瑪麗婭·特蕾莎重用利奧波德·約瑟夫·道恩、弗朗茨·莫里茨·馮·拉西等將領，1748年頒佈軍隊新章程，實行軍事改革。
原來軍隊靠大、小領主提供，每次徵兵要與領主們磋商，因而軍隊很不穩定，軍訓無法開展。
經改革之後，國家向各領主分攤"軍稅"，統一抽兵。
軍官職業化，必須經過正規訓練，並根據戰績起用和提升。
為了培養軍事人材，1752年在新維也納城建立了瑪麗婭·特蕾莎軍事學院。
1757至1758年建立了軍事總參謀部。
在司法改革中，瑪麗婭·特蕾莎最重要的措施，是1749年建立帝國最高司法部，與行政管理分而治之，並在1766年制定新的民法和刑法。
新法典規定，凡違法者，不論貴族、平民，一律懲辦。
