肅順掌權後，以鐵腕的方式面對自乾隆末期以來的官場腐敗，嚴厲打擊貪汙腐敗，嚴懲瀆職失職，整肅官場政風。
其果斷處理"戊午科場案"，將一品大員柏葰處斬，使得清王朝此後幾十年間官場風氣，特別是自乾隆後期越演越烈的貪腐風氣有了很大改觀。
咸豐八年(1858年)，順天鄉試由時任文淵閣大學士柏葰主持。
是年十月初七，距離當年鄉試揭榜尚不足一個月，御史孟傳金上書，指出本次鄉試存在嚴重舞弊問題，如旗人平齡，除了會唱兩口好皮黃，一無所長，居然高中第七名，事出蹊蹺，奏請立案審查。
咸豐帝感到其中定有貓膩，於是命怡親王載垣、鄭親王端華等會審此案。
隨著調查深入，辦案人員發現"應訊辦查議者竟有五十本之多"，甚至有一試卷"訛字至三百餘"也能中榜。
咸豐帝聞後震怒，將主考官柏葰諸人革職。
與此同時，肅順查清同考官浦安與新考中主事羅鴻繹私下裡"交通關節"。
經傳訊當事人羅鴻繹，其供述"為了能考中，他曾向兵部侍郎李鶴齡疏通關係，李轉而求同考官浦安關照，浦又跟柏葰的門丁靳祥打了招呼。
事成後，浦安向柏葰送贄敬銀十六兩，李鶴齡則向羅鴻繹索要銀五百兩，其中三百兩轉交浦安。
"
該案由於發生在戊午年，因而被稱為"戊午科場案"。
其與順治十四年的丁酉科場案和康熙五十年的辛卯科場案並列清朝三大科場舞弊案。
該案最終在肅順的力主之下，將時任文淵閣大學士柏葰、兵部侍郎李鶴齡、主事羅鴻繹等人處斬。
歷時十個月的"戊午科場案"，共計懲處各級官員91人，朝廷吏治為之一振。
在此後不久，肅順在戶部尚書任上，前後歷時兩年，徹查"戶部寶鈔案"。
咸豐即位初年，因太平天國起義，戶部庫房匱乏，於是清廷決定由戶部設立寶鈔處和官錢總局發行大量鈔票。
濫發官鈔非但沒有紓解財政，反倒致使通貨膨脹、物價飛騰，而官商乘機勾結，"侵佔挪用"，"拒收買抵"，從中牟取暴利，將幣制改革失敗的惡果轉嫁於百姓頭上，當時"五城內外兵民不下數百萬戶，各糧行抬價居奇，小民每日所得錢文，竟不能供一日之飽"。
咸豐八年(1858年)底，肅順改任戶部尚書，決心整頓財政積弊。
肅順從調查五宇官號賬目入手，刨根究底，涉案人員幾百人，抄沒戶部司員、商戶及滿族宗室數十家，一定程度上壓制了官場貪賄公行的風氣。
肅順雖驕橫專權、目中無人，但對待有才華的漢臣卻能做到格外禮待。
肅順"輕滿員"而"雅重漢人名流"。
他"待漢員頗極謙恭"，自稱"漢人是得罪不得的，他那支筆厲害得很"。
他對漢人名士的器重不僅形諸言表，而且付諸於行動，常常不拘一格地選拔保薦人才，如肅順不惜違反科場條規選拔使用高心夔。
當肅順訪知江西道員李桓為幹吏，有能名，即令人示意李向他遞"門生柬緘"，"即可晉秩兩司"。
肅順向朝廷推薦曾國藩、左宗棠、胡林翼、郭嵩燾等漢族官員，為平定太平天國、同光中興網羅了人才。
特別是左宗棠，左宗棠出佐湘幕，初露崢嶸，不想卻得罪了永州總兵樊燮和湖廣總督官文，後者聯合彈劾左宗棠為"劣幕"，咸豐皇帝令官文"一經查實，就地正法"。
肅順早聽說左宗棠有大才，聞之此事，便聯合曾國藩、胡林翼等官員上書力保左宗棠，並邀請深受皇帝信任的吳地才子潘祖蔭寫下了"天下不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠"之
