雖然穆斯lin商人於伊斯蘭時代初期即抵達東南亞，但跡象顯示穆斯lin最早於13世紀居住於蘇門答臘北部，印度尼西亞其他地區逐步採行伊斯蘭教，伊斯蘭教在爪哇及蘇門答臘地區至16世紀末才成為優勢宗教。
伊斯蘭教的包容性使之在印度尼西亞的傳播具有優勢，此情形在爪哇最為顯著。
荷蘭殖民地時期
印度尼西亞人與歐洲人首次正規接觸始於1512年，由佛朗西斯科·施蘭（franciscoserrão）帶領葡萄牙商人尋找並壟斷馬魯古群島上的肉豆蔻、丁香及蓽澄茄等資源，隨後荷蘭商人也到印度尼西亞。
荷蘭於1602年成立荷蘭東印度公司，併成為歐洲位於印度尼西亞的主要勢力，曾遭遇印度尼西亞人民武裝抗爭，荷蘭東印度公司於1800年破產解散，荷蘭政府續而成立荷屬東印度接管印度尼西亞殖民地。
在多數殖民統治期間，荷蘭在海岸堡壘以外的控制力相當薄弱，直到20世紀初期荷蘭統治範圍才擴張至今日印度尼西亞的版圖。
第一次世界大戰完結之後，當地人開始爭取自治。
雖然在印度尼西亞獨立戰爭時內部政治、社會、宗派分歧，但印度尼西亞人團結一致爭取獨立。
第二次世界大戰中1942年日本入侵印度尼西亞，荷屬東印度戰役爆發，3月日軍佔領荷屬東印度全境，印度尼西亞進入印度尼西亞日治時期。
最初日本推行“三亞運動”，但並未獲得認同而告失敗；轉而拉攏國族主義及伊斯蘭力量。
日本訓練了年輕人武裝，成為在獨立戰爭中的軍事力量，但戰後聯合國報告指出在日本統治時期有400萬人因饑荒及強制勞動而死亡。
獨立時期
印度尼西亞獨立革命
1945年8月15日，日本投降，而盟軍東南亞戰區最高統帥路易斯·蒙巴頓命令日軍不得將權力交給印尼任何黨派。
在日本投降僅兩天後，深具影響力的印尼領導人蘇加諾宣佈印尼獨立，並出任總統職務。
1945年9月29日，依據波茨坦會議決定，同盟國派出英國登陸印度尼西亞接受當地日軍的投降，1946年11月下旬，英國軍隊從印度尼西亞完全撤出。
而荷蘭軍則在10月中重返印度尼西亞，在1947年1月，荷蘭軍攻擊了東面爪哇。
同年7月21日，12萬的荷蘭軍在印度尼西亞全境進攻，宣稱其為恢復殖民地秩序的“警察行動”（aksipolisionil）。
印度尼西亞軍放棄了都市部，在農村部進行遊擊戰。
在1948年12月19日，荷蘭軍在印度尼西亞全境再次進攻，讓臨時首都日惹陷落，並逮捕蘇加諾、哈達等共和國領袖。
荷蘭當局則試圖重建政權，但面對國際壓力及譴責，且與印度尼西亞戰爭消耗了荷蘭的經濟，衝突於1949年12月結束，荷蘭宣佈印度尼西亞獨立（不包括荷屬新幾內亞，該地區由於1962年的《紐約協定》及1969年《自由選擇法》而併入印度尼西亞）。
自建國後，蘇加諾一直實施獨裁統治，藉由平衡軍方反對勢力及印度尼西亞共產黨維持其權力。
1965年9月30日印度尼西亞發生了“九·三〇”事件，部分印度尼西亞軍方高層意圖推翻蘇加諾政權，後事情敗露被處決，軍事強人蘇哈托鎮壓叛軍後掌握大權，此後蘇哈托組織部隊進行fangong清洗和推翻蘇加諾，印度尼西亞共產黨策動政變而受重創，包含華人和印尼共產黨員在內約有50萬人受害。
1967年2月，蘇加諾被解除總統頭銜，蘇哈托出任代理總統。
1968年，軍隊司
